Agaroz Jel Elektroforezi
Agaroz Jel Elektroforezi
Elektroforez DNA, RNA veya Protein moleküllerini boyutlarına göre ayırma işlemini yapmak için kullanılan tekniklerden biridir. Elektroforez tekniği ilk kez 1807 yılında Moskova Üniversitesinde Profesör olan Peter Ivanovich Strakhov ve Ferdinant Fredic Reuss tarafından yapılan bir çalışmada keşfedilmiştir. İkili yaptıkları çalışmada kil parçacıklarının su içerisindeki sabit elektrik akımının etkisi ile göç ettiğini gözlemlemişler ve buradan yola çıkarak molekülleri boyutlarına, yüklerine ve bağlanma affinitelerine göre ayırmak için bu yöntemin kullanılabileceğini öne sürmüşler. Böylece Elektroforez tekniğinin temelini atmışlardır. Agaroz jel elektroforezinin kimyasal analizlerde ve moleküler çalışmalarda kullanıma 1931 yılında Arne Tiselius yaptığı çalışmalar ile aktif halde kullanılmaya başlanmıştır.
Elektroforez
Elektroforez sisteminde çalışmalar iletken bir ortamda iki zıt yüklü (anot ve katot) elektrottan oluşmaktadır. DNA parçaları negatif yük ile yüklüdür. Negatif yükle yüklü olan DNA molekülleri bir elektrolit çözeltisi içerisinde elektrik alanı varlığında pozitif olan anota doğru hareket ederek agaroz jel içerisinde göç etmeye başlar. Bu durumu şöyle açıklayabiliriz, zıt kutuplar birbirini çeker 
. Küçük olan DNA parçaları daha hızlı göç ederken büyük olan ve jel içerisinde yavaş hareket eden büyük DNA parçaları daha az yol kat edecektir. Bu durumun sonucunda moleküller boyutlarına göre ayrılmış olacaktır. Bu yüklü moleküllerin hareketlerine migrasyon adı verilmektedir.
Agaroz jel elektroforezi çalışmalarında DNA’ların boyutlarının ayrılması için yapılan çalışmalarda bazı bileşenlere, kimyasallara ve boyalara ihtiyaç vardır.
Agaroz1; DNA/RNA moleküllerinin içerisinden geçmesini sağlayan porlar (gözenekler) oluşturan agar bileşeni olan hidrojen bağları ile bağlı olan bir kimyasaldır. Bu kimyasal DNA/RNA’ nın görselleşmesini sağlar. Agaroz gerekli tamponlar içerisinde ısıya maruz bırakıldığı zaman sıvı forma döner. Deneylerde kullanılacak olan agaroz konsantrasyonu çalışılacak olan nükleik asitlerin boyutuna bağlıdır. Konsantrasyonu yüksek olan agarozlarda düşük boyutlardaki nükleik asit molekülleri jelin porlarından geçerken hızlıca geçerken yüksek boyutlu moleküller daha yavaş ilerleyecektir.
DNA/RNA’nın agaroz jelde görüntülenmesi için jel 1X Hydra TBE2 tamponu içerisinde ısıya maruz bırakılarak sıvı forma dönüştürülür sonradan jeli dondurmadan önce jel içerisine DNA/RNA’nın görünmesinin sağlayan Hydra SYBR Safe Jel Boyası3 eklenmelidir. Hydra SYBR Safe jel boyası DNA/RNA’ ya bağlanarak UV ışığı altında floresan ışıma vererek DNA/RNA’ ların yoğunluğuna göre gözle görülür bantlar oluşmasını sağlamaktadır.
Hazırlanan agaroz jel yükleme tankına dökülmeden önce tank içerisine tarak yerleştirilmelidir. Tarak; DNA/RNA’ ların jele yüklenmesinde kolaylık sağlayacak olan kuyucukları oluşturur. DNA/RNA’ lar kuyucuklara yüklenirken 6X Jel Yükleme Boyası4 ile karıştırılmalıdır bu boya DNA/RNA’ kuyucuklara yüklenmesi kolaylaştırılır.
Jel donduktan sonra tarak çıkarılır ve jel elektroforez tankı içerisine alınır. Üzerine TBE Buffer2 solüsyon eklenir. Hazırlanan DNA/RNA ve boya karışımı kuyucuklara yüklenir. Ve jel yürütme işlemi için tankın iki ucundaki elektrotlar yardımı ile jelde yürütülür. DNA/RNA’ ların yürüdüğünün kontrolü jeldeki kuyucukların birine yüklenen HYDRA DNA ladder5 ile yapılır. DNA ladder büyüklükleri bilinen DNA bantlarından oluşmaktadır. Ardından jel tank içerisinden alınarak UV altında görüntülenir.
Yazar: Uzm. Bio. Hasine YEL
Agaroz Jel Elektroforezi çalışmasında kullanılabilecek ürünlerin linkleri:
1-https://www.hydrabiotechnology.com/tr/urunler/diger-urunler/agaroz/90
2-https://www.hydrabiotechnology.com/tr/urunler/nukleik-asit-analizi/1x-50x-te-buffer/37
3-https://www.hydrabiotechnology.com/tr/urunler/nukleik-asit-analizi/sybr-safe-jel-boyasi/23
4-https://www.hydrabiotechnology.com/tr/urunler/nukleik-asit-analizi/6x-jel-yukleme-boyasi-mavi/24
5-https://www.hydrabiotechnology.com/tr/urunler/nukleik-asit-analizi/dna-ladder-100-bp/31
